Налоговый орган может поменять свои выводы в ходе проверки (письмо ФНС № СА-4-7/11051@ от 07.06.2018)
В соответствии с положениями Налогового кодекса РФ налоговые органы в рамках камеральных и выездных налоговых проверок имеют полномочия по доначислению налогоплательщикам дополнительных сумм неуплаченных налогов по сравнению с указанными налогоплательщиками в налоговых декларациях, включая уточненные налоговые декларации.
Поскольку выездные налоговые проверки являются самостоятельной формой налогового контроля, то независимо от выводов, содержащихся в ранее принятых налоговым органом решениях по результатам камеральных налоговых проверок, в том числе выводов об обоснованности возмещения налога на добавленную стоимость, по итогам выездной налоговой проверки налогоплательщику может быть вменена недоимка по налогу.
В качестве примера, подтверждающего данную позицию, можно привести выводы, отраженные в постановлении Президиума Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации от 31.01.2012 № 12207/11 по делу № А33-10298/2010 (ООО «Карабулалеспром») в котором указано, что из системного толкования положений статей 88, 89 и 176 Налогового кодекса РФ следует, что выездная налоговая проверка предусматривает более широкие полномочия налогового органа по контролю, выраженные в порядке проведения, условиях, а также объеме подлежащих проверке документов. В Налоговом кодексе РФ отсутствуют нормы, которые могли бы быть истолкованы как устанавливающие запрет на проведение выездной налоговой проверки в отношении налоговых периодов, за которые ранее налоговым органом было принято решение о возмещении налога на добавленную стоимость. Статья 176
Налогового кодекса РФ не содержит положений, определяющих проведение налоговой проверки в порядке, предусмотренном данной статьей, как исключительную форму налогового контроля.
Положения Налогового кодекса РФ не предполагают дублирования контрольных мероприятий, осуществляемых в рамках выездных и камеральных налоговых проверок. В связи с этим они не исключают выявление при проведении выездной налоговой проверки (как более углубленной формы налогового контроля) таких нарушений, которые не были обнаружены при проведении камеральной налоговой проверки. Данные выводы содержатся в Определении Конституционного Суда Российской Федерации от 10.03.2016 № 571-О (по жалобе ООО «Чебаркульская птица»).