Зачет по налогам нужно провести по заявлению самого налогоплательщика. Это важно, если вы, например, совершили ошибку и заплатили не тот налог или у вас есть переплата.

Зачет или возврат суммы излишне уплаченного налога производится налоговым органом по месту учета налогоплательщика.
Пунктом 5 статьи 78 Кодекса предусмотрено, что зачет суммы излишне уплаченного налога в счет погашения недоимки по иным налогам, задолженности по пеням и (или) штрафам, подлежащим уплате или взысканию в случаях, предусмотренных Кодексом, производится налоговыми органами самостоятельно.
Правила, установленные статьей 78 Кодекса, распространяются на налоговых агентов, плательщиков сборов и ответственного участника консолидированной группы налогоплательщиков (пункт 14 статьи 78 Кодекса).
Таким образом, зачет суммы излишне уплаченного налога соответствующего вида возможен в счет погашения задолженности по НДФЛ налогового агента.
По вопросу зачета излишне уплаченной суммы НДФЛ в счет будущих платежей по НДФЛ ФНС России сообщает следующее.

Вывеска для юридической фирмы.

Согласно подпункту 1 пункта 3 статьи 24 Кодекса налоговые агенты обязаны правильно и своевременно исчислять, удерживать из денежных средств, выплачиваемых налогоплательщикам, и перечислять налоги в бюджетную систему Российской Федерации на соответствующие счета Федерального казначейства.
Пунктом 9 статьи 226 Кодекса установлено, что уплата налога за счет средств налоговых агентов не допускается. Следовательно, перечисление в бюджет суммы, превышающей сумму фактически удержанного из доходов физических лиц НДФЛ, не является уплатой НДФЛ.
В этом случае налоговый агент вправе обратиться в налоговый орган с заявлением о возврате на расчетный счет суммы, не являющейся НДФЛ и ошибочно перечисленной в бюджетную систему Российской Федерации.
Налоговый орган, в случае отсутствия у указанного налогового агента задолженности по иным федеральным налогам, осуществляет возврат излишне уплаченной суммы, не являющейся НДФЛ, в порядке, установленном статьей 78 Кодекса.
При этом следует учесть, что подтверждение факта ошибочного перечисления сумм по реквизитам уплаты НДФЛ, как и подтверждение факта излишнего удержания и перечисления НДФЛ производится на основании выписки из регистра налогового учета за соответствующий налоговый период и платежных документов согласно абзацу 8 пункта 1 статьи 231 Кодекса, а возврат на расчетный счет организации осуществляется с учетом положений абзаца второго пункта 6 статьи 78 Кодекса.
Кроме того, возможен зачет таких ошибочно перечисленных сумм по реквизитам уплаты НДФЛ в счет погашения задолженности по налогам соответствующего вида, а также в счет будущих платежей по иным налогам соответствующего вида (<Письмо> ФНС России от 06.02.2017 N ГД-4-8/2085@ «О проведении зачетов»)