Согласно пп. 1 п. 10 ст. 89 НК РФ повторная выездная налоговая проверка налогоплательщика может проводиться вышестоящим налоговым органом в порядке контроля за деятельностью налогового органа, проводившего проверку.В Налоговом кодексе РФ отсутствует указание на поводы, при наличии которых назначается проведение вышестоящим налоговым органом повторной выездной налоговой проверки, что способствует увеличению жалоб налогоплательщиков, так как любая повторная проверка рассматривается им как незаконная. При этом, как показывает анализ судебной практики, налогоплательщик имеет немалые шансы на разрешение дела в его пользу.Налоговые органы составляют единую централизованную систему контроля за соблюдением законодательства о налогах и сборах, за правильностью исчисления, полнотой и своевременностью уплаты (перечисления) в бюджетную систему Российской Федерации налогов и сборов. Постановлением Правительства РФ от 30.09.2004 N 506 утверждено Положение о Федеральной налоговой службе. Федеральная налоговая служба осуществляет свою деятельность непосредственно и через свои территориальные органы — управления по субъектам Российской Федерации, межрегиональные инспекции, инспекции по районам, районам в городах, городам без районного деления, инспекции межрайонного уровня.В силу п. 6.4 Положения о Федеральной налоговой службе, утв. Постановлением Правительства РФ от 30.09.2004 N 506, ФНС России осуществляет контроль за деятельностью ее территориальных органов.В целях реализации Постановления Правительства РФ от 30.09.2004 N 506 и на основании п. 10.2 Положения о Минфине России, утв. Постановлением Правительства РФ от 30.06.2004 N 329, Приказом Минфина России от 09.08.2005 N 101н утверждены Положения о территориальных органах Федеральной налоговой службы.Как отмечено в Постановлении Конституционного Суда РФ от 17.03.2009 N 5-П, централизованным характером системы налоговых органов предопределяется контроль вышестоящего налогового органа за деятельностью нижестоящих налоговых органов, направленный на обеспечение соблюдения ими законодательства о налогах и сборах в соответствии с принципом конституционной законности. Одной из форм такого контроля является повторная выездная налоговая проверка.Вертикальная подчиненность призвана обеспечить законность и обоснованность принимаемых нижестоящими налоговыми органами решений, устранить допущенные нарушения, восстановить нарушенные права налогоплательщика. Например, управление ФНС России по субъекту Российской Федерации является вышестоящим налоговым органом по отношению к городской (районной) инспекции ФНС России.Федеральная налоговая служба и ее территориальные органы являются юридическими лицами, имеют бланк и печать с изображением Государственного герба Российской Федерации и со своим наименованием, эмблему, иные печати, штампы и бланки установленного образца, а также счета, открываемые в соответствии с законодательством Российской Федерации (п. 11 разд. III Постановления Правительства РФ N 506).Таким образом, несмотря на то, что налоговые органы составляют единую централизованную систему, отдельно взятым налоговым органом принимаются самостоятельные решения, которые влекут разные правовые последствия. Возможность проводить повторную налоговую проверку стимулирует нижестоящие налоговые осуществлять мероприятия налогового контроля в строгом соответствии с НК РФ и иными федеральными законами.В НК РФ отсутствует ограничение по времени проведения повторной выездной налоговой проверки. В связи с этим в практике встречаются такие ситуации, когда налогоплательщик обжаловал в судебном порядке первоначальную выездную налоговую проверку и суд принял решение в пользу налогоплательщика, после вышестоящий налоговый орган проводит выездную налоговую проверку.По такой ситуации Конституционный Суд РФ в Постановлении от 17 марта 2009 г. N 5-П отметил, что проводимая вышестоящим налоговым органом повторная выездная налоговая проверка не должна изменять права и обязанности налогоплательщика, определенные не пересмотренным и не отмененным в установленном процессуальным законом порядке судебным актом, принятым по спору того же налогоплательщика и налогового органа, осуществлявшего первоначальную выездную налоговую проверку.

В то же время в Постановлении Президиума ВАС РФ от 16.03.2010 N 14585/09 по делу N А12-681/2009 указано, что названная правовая позиция Конституционного Суда Российской Федерации не охватывает случаев, когда объективно исключена возможность возникновения указанных противоречий, в частности, если при рассмотрении другого дела суд не давал оценки доказательствам и фактическим обстоятельствам, а также сделанным инспекцией на их основе выводам, обоснованность и законность которых являются предметом контроля вышестоящего налогового органа при проведении повторной проверки.

В Постановлении Президиума ВАС РФ от 20 октября 2010 г. N 7278/10 уточнено, что необходимо в каждом конкретном случае исследовать вопрос о том, исключает или не исключает повторная выездная налоговая проверка принятие по ее результатам решения, вступающего в противоречие с ранее установленными судом фактическими обстоятельствами и имеющимися в деле доказательствами, подтвержденными действующим судебным актом.

Таким образом, само по себе проведение вышестоящим налоговым органом повторной выездной налоговой проверки при наличии судебного акта, принятого по спору того же налогоплательщика и налогового органа, осуществлявшего первоначальную выездную налоговую проверку, не является незаконным. Решение вышестоящего налогового органа может быть отменено только в том случае, если содержащиеся в нем выводы воспроизводят изложенные в решении инспекции обстоятельства, признанные судом ошибочными.

В Постановлении Президиума ВАС РФ от 16.03.2010 N 14585/09 по делу N А12-681/2009 также обращено внимание, что назначение повторной проверки вышестоящим органом предполагает наличие результатов первоначальной проверки, оценка которых вышестоящим налоговым органом позволяла бы определить, насколько эффективны, законны и обоснованны решения, принимаемые инспекцией, с точки зрения существа выявленных нарушений и их оценки. Факт признания решения налогового органа недействительным исключительно по процедурным основаниям, в частности по мотиву вынесения его некомпетентным налоговым органом, не является препятствием для назначения новой налоговой проверки надлежащим налоговым органом. Если решение о назначении первоначальной выездной налоговой проверки является незаконным с момента его принятия, вышестоящий налоговый орган в такой ситуации не имеет правовых оснований для осуществления контроля за деятельностью налогового органа в отношении незаконно проведенной им выездной налоговой проверки предприятия.

Таким образом, основной целью повторной выездной налоговой проверки вышестоящим налоговым органом является контроль за нижестоящим налоговым органом.

В Постановлении Президиума ВАС РФ от 03.04.2012 N 15129/11 по делу N А57-12694/2010 указано, что предметом контроля вышестоящим налоговым органом могут являться оценка эффективности проведения первоначальной проверки в части выявления нарушений налогового законодательства, а также сделанные в ходе данной проверки выводы об отсутствии таких нарушений. Поэтому, если повторная выездная налоговая проверка, хоть и будет оформлена вышестоящим налоговым органом в порядке, предусмотренном п. 10 ст. 89 НК РФ, но фактически таковой не будет являться (осуществлена с целью доначисления налогов по кругу тех обстоятельств и правонарушений, которые были выявлены в результате первоначальной налоговой проверки), такая проверка является незаконной.

При пересмотре в порядке надзора указанного дела установлено, что по итогам рассмотрения управлением апелляционной жалобы предпринимателя решение инспекции было отменено и производство по делу прекращено, поскольку управление усмотрело в действиях должностных лиц инспекции нарушение существенных условий процедуры рассмотрения материалов выездной налоговой проверки, выразившихся во вручении акта проверки и уведомления о рассмотрении материалов проверки лицу, не уполномоченному предпринимателем на получение таких документов и на участие в процедуре рассмотрения результатов проверки. Впоследствии управлением в целях осуществления контроля за деятельностью инспекции проведена повторная выездная налоговая проверка предпринимателя.

В Постановлении Президиума ВАС РФ от 25.05.2010 N 17099/09 по делу N А58-3515/08 также указано, что повторная налоговая проверка фактически таковой не являлась, поскольку ее целью не был контроль.

В Постановлении ФАС Уральского округа от 27.10.2010 N Ф09-8198/10-С3 по делу N А76-1613/2010 отмечено, что суды правомерно удовлетворили требование налогоплательщика, исходя из того, что управлением фактически была проведена повторная выездная налоговая проверка с целью осуществления контроля за соблюдением налогоплательщиком законодательства о налогах и сборах, а не с целью контроля за деятельностью налогового органа, проводившего проверку.

В Постановлении ФАС Московского округа от 27.09.2011 по делу N А40-121069/10-127-674 указано, что НК РФ не содержит каких-либо ограничений при назначении повторной выездной налоговой проверки в порядке контроля за деятельностью нижестоящего налогового органа при переходе налогоплательщика к моменту ее назначения в налоговый орган, находящийся в подчинении другого вышестоящего налогового органа. Повторная налоговая проверка проводится с целью контроля за деятельностью нижестоящего налогового органа, проводившего проверку, поэтому не может быть назначена налоговым органом, не являющимся вышестоящим по отношению к проводившему проверку.

В письме ФНС России от 29.12.2012 N АС-4-2/22690 указано, что вышестоящим налоговым органом по отношению к налогоплательщику, в отношении которого проведена выездная налоговая проверка и который изменил адрес регистрации и перешел на учет в налоговый орган другого субъекта, будет являться Управление ФНС России по субъекту РФ по прежнему месту учета налогоплательщика.

Таким образом, повторная проверка в порядке контроля за деятельностью нижестоящего налогового органа проводится исключительно вышестоящим налоговым органом, в вертикальном подчинении которого находится (или находился) налоговый орган, осуществивший первоначальную выездную налоговую проверку. Целью повторной проверки должен быть контроль деятельности этого налогового органа.